Патогенез демодекоза у собак неполностью ясен, особенно при хронической генерализованой форме болезни. Однако, явная предрасположенность некоторых пород к генерализованному демодекозу, условно-патогенный характер D. canis и связь между заболеванием и ослабляющими здоровье факторами, такими, как кишечный паразитизм, течка, появление щенков, эндокринные заболевания, глюкокортикотерапия и химиотерапия предполагают сочетание наследственной предрасположенности и подавления иммунитета. Современная информация подтверждает, что наследственный дефект Т-клеток, специфичных к D. canis, мог бы играть центральную роль в патогенезе генерализованного демодекоза. Этот дефект может проявляться сам по себе или в сочетании с некоторыми иммунодепрессивными факторами и позволил бы размножению клещей и началу генерализованной депрессии Т-клеток, предрасполагая к вторичной пиодермии, а в дальнейшем угнетая как клеточную, так и гуморальную иммунную реакцию.

Клещи внедряются передним концом тела в полости волосяных мешочков и сальных желез, где интенсивно размножаются. Число их в волосяном фолликуле и сальной железе иногда достигает 200. Питаются клещи кожной смазкой. Механически раздражая ткани кожи и действуя на нервные окончания клещи вызывают атрофию волосяных сосочков из сальных желез, нарушают питание кожи и иннервацию. Это приводит к тому, что на прожаженных участках волосы начинают выпадать, кожные капилляры расширяются и в волосяных фолликулах и на поверхности инвазированной кожи усиленно образуются клетки эпидермиса. В дальнейшем к воспалительному процессу в тканях кожи присоединяется секундарная микрофлора (преимущественно стафилококки), вызывая образование мелких абсцессов. Зуд кожи при этом в виде чесотки обычно незнчительный или отсутствует. Однако демодекозные клещи зачастую могут переживать и даже размножаться в других тканях, а также паренхиматозных органах (печень, селезенка), что свидетельствует о высокой приспособительной активности возбудителя.