В начале декабря 1855 года Пирогов вер­нулся в Петербург и вскоре закончил послед­ние препараты для «Ледяной анатомии». Мно­голетний исследовательский учёный труд был завершён. Можно было приступить к даль­нейшей научной работе. Но из Медико-хирургической академии Николай Иванович ушёл.

Много раз в печати появлялись упрёки по адресу Пирогова в том, что он оставил науч­но-преподавательскую деятельность. Объяс­няли его уход различно, между прочим — утратой интереса к науке. Но это совершенно неверно.

Деятельность Пирогова в Крыму открыла новую эпоху в истории военно-медицинского дела. Осуществляя на фронте свои идеи в области военно-полевой хирургии, он хотел передать свой опыт всем, кому приходится иметь дело с больным и раненым воином. Надо было привести в порядок собранный в Крыму материал, согласовать мысли, возник­шие в последнюю войну, с впечатлениями, вы­несенными из кавказской поездки 1847 года, обработать всё это с учётом отдельных сооб­щений других деятелей военной медицины, дать сравнительно-исторический обзор меро­приятий по организации медицинской помощи на полях сражений.

Труд предстоял огромный. Для осуществле­ния его не было надобности производить экспериментальные исследования в анатомическом институте, не требовались также Даль­нейшие наблюдения у постели больного. Но было необходимо душевное спокойствие.

Кроме возможности служить родине облег­чением участи её защитников, Николая Ивано­вича, как он говорил, радовало в Крыму от­сутствие «удручающих жизнь, ум и сердце чиновничьих лиц, с которыми по воле и по неволе встречался ежедневно в Петербурге». Больше всего приходилось сталкиваться с этими лицами в Медико-хирургической акаде­мии. Хотелось уйти от них подальше. «По­нятно, — говорил С. П. Боткин в юбилейной речи о Пирогове, — что пребывание Николая Ивановича в Севастополе, Симферополе хотя и дало ему право встать рядом с нашими на­родными героями, но значительно увеличило число его непримиримых врагов и между людьми, власть имеющими, Николай Иванович, повидимому, сознавал, что продолжать слу­жбу в ведомстве военного министерства ему было неудобно».

Кафедру Пирогова в академии занял его ассистент, профессор П. Ю Неммерт. но он ни в каком отношении не мог заменить своею великого предшественника и учителя.

В литературе неоднократно возникал вопрос о школе Пирогова. В точном смысле слова такой школы и не было. Сам Николай Ивано­вич мог в «Дневнике старого врача» упомя­нуть в качестве своего ученика лишь одного деятеля русской медицинской науки — извест­ного киевского профессора В. А. Караваева. Но и этого он мог назвать только потому, что Караваев, который, кстати сказать, былсверстником Пирогова, приехал в Юрьев в по­следние годы профессуры там Николая Ива­новича и писал докторскую диссертацию на предложенную им тему.

Некоторые слушатели Пирогова по Юрьев­скому университету занимали впоследствии видное положение в медицинском мире и в воспоминаниях о Николае Ивановиче с гордо­стью называли себя его учениками. Но ни один из них не был продолжателем дела Пирогова в прямом смысле слова.

Более чем двенадцатилетнее преподавание Николая Ивановича в Медико-хирургической академии отмечено в истории русской хирур­гии всего двумя-тремя крупными именами. Но и эти талантливые учёные могут быть названы учениками Пирогова главным образом потому, что они были слушателями его лекций, наблю­дали его операции.

Объяснение такому странному, на первый взгляд, и редкому в истории науки явлению заключается в особенностях характера гениаль­ного хирурга. Пирогов был сильной, волевой личностью. Он обладал не только светлым умом, гениальными способностями, безгранич­ным трудолюбием, но и пламенным темпера­ментом. Этому замечательному русскому учё­ному и выдающемуся человеку были свой­ственны обычные человеческие слабости. Це­леустремлённый и настойчивый, новатор науки, которому приходилось добиваться торжества своих идей путем упорной, порою жестокой борьбы, Николай Иванович выработал в себе черты властности, переходившей в деспотизм. Это отражалось на его характере. Нажитые при неустанном труде в плохой гигиенической обстановке тогдашнего анатомического инсти­тута болезни также оказывали своё влияние. С годами Пирогов становился всё более раз­дражительным, неуживчивым, нетерпимым к чужому мнению. Людям с крупной индивиду­альностью трудно было работать под его руко­водством.