В 1529 и 1530 гг. он посетил Эсслинген и Нюрнберг. «Настоящие» из Нюрнберга ославили его как мошенника, шарлатана и самозванца. Чтобы опровергнуть их обвинения, он попросил городской совет доверить ему лечение нескольких пациентов, чьи болезни считались неизлечимыми. К нему направили больных слоновой болезнью, которых он излечил за короткое время, не прося никакой платы. Но этот успех не изменил жизни Парацельса, которому, казалось, была предначертана судьба скитальца. Он посетил множество городов. В 1536 г. осел в Зальцбурге, куда был приглашен герцогом Эрнстом, большим любителем тайных наук. Там Парацельс, наконец, смог увидеть плоды своих трудов и обрести славу. Однако ему не суждено было долго наслаждаться столь заслуженным покоем. 24 сентября 1541 г. После непродолжительной болезни он умер (в возрасте 48 лет), в маленьком номере гостиницы «Белая лошадь». Похоронили его на кладбище св. Себастьяна. Обстоятельства его смерти до сих пор неясны, но самые последние исследования подтверждают версию его современников, согласно которой Парацельс во время званого обеда подвергся нападению бандитов, нанятых кем–то из лекарей, его врагов. В результате падения на камень проломил череп, что спустя несколько дней привело к смерти.

Немецкий врач С.Т. фон Землиринг обследовал череп Парацельса и заметил трещину, проходящую через височную кость. Череп Парацельса, невозможно спутать ни с каким другим, благодаря его необычному строению (он по форме больше напоминает женский, чем мужской). На лице его не росла борода.

На основании памятника Парацельсу имеется надпись: «Здесь лежит Филипп Теофраст звания Доктор Медицины, что те многие язву, подагру, водянку и некоторые неизлечимые заразные болезни тела, чудесным искусством излечил. Распределением и отдачей своего имущества бедных почтил. В год 1541, в 24-й день сентября, сменил жизнь на смерть».[4]