Окончив в 1828 году университет, Пирогов получил диплом на звание лекаря. По собствен­ному позднейшему заявлению Николая Ивановича, его тогдашние знания далеко не соот­ветствовали обязанностям врача. Он мог занять должность провинциального или полко­вого лекаря. Но получилось иначе. В 1828 году правительство решило послать двадцать "молодь природных россиян» за границу для подготовления к профессуре в отечественных университетах, где кафедры были заняты пре­имущественно иностранцами. Предварительно этим молодым людям предстояло пробыть два года в профессорском институте при универ­ситете в Юрьеве (тогда он назывался Дерптом). Дерптский университет в это время достиг небывалой еще научной высоты,— писал Пирогов в «Дневнике старого врача»,— тогда как другие русские университеты падали со дня на день всё ниже и ниже благодаря обскурантизму и отсталости разных попечителей".

По совету профессора Мухина, продолжавшего руководить занятиями своего любимца, Пирогов поехал в Юрьев. Но вместо двух он пробыл там пять лет. Правительство Николая І боялось отпустить будущих российских профессоров в охваченную тогда революционным движением Западную Европу. Пять лет Николай Иванович усердно учился в Юрьеве, главным образом под руководством даровитого профессора хирургии И. Ф. Мойера. Это был человек замечательный и высоко­талантливый. «Уже одна наружность его была выдающаяся, — характеризует своего учителя Пирогов.— Речь его была всегда ясна, отчёт­лива, выразительна. Лекции отличались про­стотою, ясностью и пластичною наглядностью изложения. Талант к музыке был у Мойера необыкновенный; его игру на фортепиано и особливо пьес Бетховена — можно было слу­шать целые часы с наслаждением».

В доме Мойера профессорский кандидат Пирогов прожил почти всё время своего дерптского учения. Дом Мойера, близкого — по жене — родственника знаменитого поэта В. А. Жуковского, был средоточием русской культуры в Прибалтийском крае. В этом доме читались, до появления в печати, новые про­изведения Пушкина. «Я живо помню,— пишет Пирогов в «Дневнике старого врача», — как однажды Жуковский привёз манускрипт Пуш­кина «Борис Годунов» и читал его; помню также хорошо, что у меня пробежала дрожь по спине при словах Годунова: «и мальчики кровавые в глазах».

Мойер хорошо знал свой предмет, был отличным профессором и умелым практиче­ским врачом. Из Москвы Пирогов приехал с намерением изучать специально хирургию, но в Юрьеве расширился круг его научных интересов. Он занялся изучением анатомии применительно к хирургии — сочетание для того времени совершенно новое. Профессора Юрьевского университета высоко ценили его способности и знания. «После пятилетнего пребывания в Дерпте,— рассказывает Николай Иванович в «Дневнике старого врача»,— я уже без самонадеянности и без самомнения вправе был считать себя достаточно приготов­ленным к дальнейшим самостоятельным занятиям наукой».

3 это время Пирогов приобрёл те глубокие знания о строении человеческого тела, благо­даря которым сумел спустя несколько лет создать свой классический труд по хирурги­ческой анатомии. Он изучил некоторые предметы так основательно, что в учении о фасциях, по словам специалистов, никто не был опытнее его. Хирургию Пирогов изучил при помощи хирургической анатомии, как он сооб­щает в «Дневнике», на трупах.

В 1832 году Николай Иванович защитил докторскую диссертацию. Для последней он избрал редкую по тогдашнему времени тему — о перевязке брюшной аорты при паховых аневризмах.

Продолжатель дела Пирогова, советский ученый, академик Н. Н. Бурденко, во время своего пребывания в Юрьеве исследовал кли­нические журналы клиники профессора Мойера за 1828—1832 годы. Это дало возможность установить, что Николай Иванович во время своей подготовки к профессуре произвёл десять операций на живых людях, из них три или четыре — операции по поводу аневризмы.

Диссертация Пирогова привлекла внимание всех тогдашних Юрьевских профессоров-есте­ственников и студентов, серьёзно интересовав­шихся наукой. Рисунки с препаратов Пиро­гова, в красках, в натуральную величину, хра­нились вплоть до наших дней в анатомическом институте Юрьевского университета. Их изу­чал проходивший там в начале XX столетия курс медицинских наук один из лучших и достойнейших продолжателей дела Пирогова по организации военно-полевой медицины, зна­менитый советский хирург Николай Нилович Бурденко. * Новизной методов исследования первая научная работа Николая: Ивановича привлекла внимание не только Юрьевских, но всех русских и западноевропейских медицин­ских кругов. Её перевели с латинского языка, на котором она была опубликована в 1832 году, на русский и немецкий и напечатали в русском и самом распространённом западноевропей­ском медицинском журнале.

Согласно позднейшему заявлению москов­ского профессора хирургии Л. Л. Левшина, эта работа Пирогова может «служить прекрас­ным примером того, как следует приступать к решению вопросов практической медицины» (1897 год).