Вторая научная работа Пирогова содержит «Анатомо-патологическое описание бедренно­паховой части относительно грыж, появляющихся в сем месте». Подписана статья ини­циалами А. Иовского, редактора журнала, где она напечатана. Но текст её, как видно из содержания, точно воспроизводит сообщение Николая Ивановича. В этой, по существу пер­вой самостоятельной работе Пирогова виден уже будущий основатель научной хирургии. В ней изложены взгляды Николая Ивановича на значение анатомии для хирургии, проявлена широта его научного кругозора, видна осно­вательность его собственных научных знаний и его строгая требовательность к практическому хирургу.

Широкое поле деятельности для научной и практической работы представилось Пирогову осенью 1830 года. В Юрьеве в это время около шести недель свирепствовала холера, и Николай Иванович почти ежедневно вскрывал трупы умерших от холеры, углубляя свои анатомические знания. При этом он, как заключает современный исследователь, ко­нечно, обращал внимание на патологоанато­мические изменения в различных органах, которые обнаруживаются при холере.

Пирогову нечего было больше делать в Юрьеве, но за границу его не отпускали. Нако­нец, в 1833 году правительство Николая I решило отпустить будущих российских профессоров за границу. В мае Николай Иванович и другие профессорские кандидаты выехали из Юрьева.

Группу Пирогова послали в Германию, Согласно его позднейшему» весьма авторитет­ному, отзыву, медицина в Германии стояла тогда на распутье. Хирургия как наука стала развиваться в некоторых западноевропейских странах только в середине XVIII столетия. Основной причиной её отставания было оши­бочное представление о том, что для занятия хирургией совершенно не нужно знание анато­мии. Такие воззрения привели к полнейшему отрыву практической медицины от естествен­ных наук.

Германия позднее всех западноевропейских стран освободилась от вредного наследия средних веков, когда медициной занималось духовенство, ограничившее свою деятельность лекарствами и заклинаниями и предоставив­шее хирургию цирюльникам. Научно образо­ванные медики-немцы дольше всех уклонялись от занятия хирургией.

Пирогов застал германскую практическую медицину «почти совершенно изолированной от главных реальных её основ: анатомии и физиологии; о профессорах терапии, о клини­цистах по внутренним болезням — и говорить нечего».

Даже лучший тогдашний германский клини­цист Руст, считавшийся передовым, и тот не знал, ещё хуже — не хотел знать, анатомии. Однажды он сказал на лекции об одной опе­рации:

— Я забыл, как там называются эти две кости стопы: одна выпуклая, как кулак, а другая вогнутая в суставе; так вот от этих двух костей и отнимается передняя часть стопы.

В годы пребывания Пирогова в Германии медицина не знала еще обезболивающих средств, и поэтому особенно высоко ценилась тогда быстрота операций. Медленность операций при воплях и криках мучеников науки, или, как говорил Николай Иванович, мучени­ков, безмозглого доктринёрства, была ему противна.

Пирогов вдумывался в коренную причину этого варварства, но безуспешно искал спосо­бов, уменьшить страдания оперируемых, точно так же, как безуспешны были тогда поиски средств борьбы со смертельным исходом огромного большинства даже удачных в тех­ническом отношении операций.

За два года почти самостоятельной работы в заграничных клиниках и лабораториях Пиро­гов углубил свои знания в анатомии, усовер­шенствовал свою хирургическую технику и расширил объём своих научных исследований в области применения анатомии к хирургии. Но всего этого он достиг почти исключительно собственными усилиями, благодаря своим личным способностям и огромному трудо­любию.

В начале 1835 года русские стипендиаты в Берлине получили из Петербурга, от министер­ства просвещения, запрос о том, в каком уни­верситете каждый из них хотел бы занять профессорскую кафедру. Запрос, собственно, был лишний, так как при отправлении канди­датов в Юрьев каждый из них предназначался в профессора того университета, воспитанни­ком и избранником которого он был.

Пирогов заявил о желании занять свобод­ную тогда кафедру хирургии в Москве. Уве­ренный в успехе своего дела, Николай Ивано­вич сообщил матери, что, наконец-то, он сумеет отплатить ей и сестрам за их заботы о нём;

Но Пирогова ждало на родине жестокое разочарование. Стремясь лишить русские уни­верситеты даже той ничтожной самостоятель­ности, которой они пользовались при его пред­шественнике, министр Уваров просил царя дать ему право назначить молодых профессо­ров на свободные кафедры по своему усмо­трению. Хотя министр признавал, что «универ­ситеты имеют право сами избирать на вакант­ные кафедры учёных», но он считал, что «в настоящем случае допустить их воспользо­ваться сим правом было бы чрезвычайно неудобно».

Николая I не надо было долго уговаривать нарушить чьи-либо права. Царь одобрил проект Уварова, и министр назначил на московскую кафедру харьковского кандидата Ф. И. Иноземцева, который одновременно с Пироговым готовился к профессуре. За него просил министра один знатный придворный.