Общество столичных врачей, насчитывавшее в своём составе многих заслуженных и учё­ных медиков с известными именами, устроило Пирогову торжественную встречу. Группа ста­рых профессоров Медико-хирургической ака­демии, видевшая в нём главным образом конкурента по частной медицинской практике, отнеслась к Николаю Ивановичу неприязненно.

Хотя Николай Иванович страстно добивался перевода в Петербург и профессура в Медико-хирургической академии стоила ему тяжёлой и упорной борьбы, он всё же предъявил на­чальству военно-медицинского ведомства ряд требований, вытекавших из желания поднять русскую науку на высшую ступень. Он поста­вил условием своего перехода учреждение в составе академии новой кафедры госпитальной хирургии с хирургической клиникой при ней.

«Облагородить госпиталь, — заявил Пирогов в одной из своих многочисленных записок министерство, — привести его к истинному идеальному назначению, соединить в нём приют для страждущего вместе с святилищем науки можно только тогда, когда практическая деятельность к нему принадлежащих врачей соединена будет с изустным преподаванием при постели больных для учащегося юноше­ства».

Условие было принято. Новая кафедра была учреждена. По плану Пирогова был также создан при Медико-хирургической ака­демии анатомический институт. Это было пер­вое учреждение такого рода не только в Рос­сии, но и во всём мире.

Проект Пирогова встретил сильное проти­водействие со стороны отсталых профессоров. Но автор проекта был человек целеустремлён­ный и настойчивый в осуществлении намечен­ного им. Николай Иванович добился учреж­дения Анатомического института. Конферен­ция академии предложила ему быть директо­ром нового учреждения.

Пирогов принял эту должность, но тоже на определённых условиях. «Самою высшей для меня наградой, — писал он в заявлении на имя конференции, — я почёл бы убеждение, что мне удалось доказать нашим врачам, что анатомия не составляет, как многие думают, одну только азбуку медицины, которую можно без вреда забыть, когда мы научимся кое-как читать по складам; но что изучение её так же необходимо для начинающего учиться, как и для тех, которым доверяется жизнь и здо­ровье других».

Мысль Пирогова работала в различных на­правлениях, сводившихся к определенной цели — усовершенствованию науки, распро­странению в отечестве передовых знаний, применению новейших достижений науки при лечении больных. Пирогов хотел поставить отечественную ме­дицину на большую высоту. Но условия ра­боты противоречили стремлениям этого убеж­дённого 'новатора науки. Под его клинику были отведены, по словам официального историка академии, очень ветхие, крайне не­удобные здания, не отвечавшие самым сни­сходительным требованиям гигиены. Во мно­гом, самом необходимом, они уступали аре­стантскому отделению госпиталя. Такими были и другие помещения, отведённые новому профессору. Николай Иванович упорно доби­вался изменения этой обстановки.

Профессор Пирогов был силён не только в самокритике, он выступал с самой резкой и обстоятельной критикой положения вещей в Медико-хирургической академии, обличал плохую постановку дела в военно-санитарном ведомстве вообще.

Чиновникам это пришлось, не по нраву и не по обычаям. Они привыкли присваивать зна­чительную часть средств, отпускаемых из го­сударственной казны для лечения больных и подготовки врачей, считали, что госпитальное имущество и все продукты составляют их лич­ную собственность, и вступили в жестокую борьбу с неугомонным новатором и нарушите­лем их воровских традиций. Наглость чинов­ников дошла до того, что они пытались офи­циально объявить гениального учёного сума­сшедшим. Но Пирогов был силён в борьбе правотой и сознанием огромной пользы своей научно-практической деятельности для отече­ства.

Враги Николая Ивановича были посрамлены и вынуждены на коленях в торжественной об­становке просить у него извинения за клевет­нический навет. Однако они продолжали поль­зоваться всякой оплошностью Пирогова, пре­небрегавшего формальностями в своих сноше­ниях с бюрократическим начальством, и ме­шали ему спокойно работать. Пытались также предать его суду за нарушение канцелярских правил при выписке лекарств для клиники и т. п.