В Юрьевский период своей профессуры Пиро­гов выпустил несколько крупных научных трудов: 1) «Хирургическую анатомию артери­альных стволов и фасций» (было несколько изданий — с 1837 по 1881 год — на русском и других европейских языках); 2) два тома «Клинических анналов» (1836—1839 гг.); 3) мо­нографию о перерезке Ахиллесова сухожилия.

Первая из названных работ — самый круп­ный учёный труд Пирогова, доставивший ему мировую известность, имеющий жизненное значение и для нашего времени. В предисловии к этому труду Николай Иванович говорит о научной отсталости знаменитых немецких про­фессоров хирургии. «Предмет и цель его так ясны, что я мог бы не терять времени на предисловие и приступить к делу, если бы не знал, что и в настоящее время встречаются ещё учёные, которые не хотят убедиться в пользе хирургической анатомии. Кто, напри­мер, из моих соотечественников поверит мне,

если я расскажу, что в Германии можно встре­тить знаменитых профессоров, которые с кафедры говорят о бесполезности анатомиче­ских знаний для хирурга . Не личная не­приязнь, не зависть, к заслугам этих врачей . заставляют меня приводить в пример их за­блуждения. Впечатление, которое произвели на меня, их слова, до сих пор ещё так живо, так противоположно моим взглядам на науку и направлению моих занятий, авторитет этих учё­ных, их влияние на молодых медиков так велики,— что я не могу не высказать моего негодования по этому поводу. До поездки моей в Германию мне ни разу не приходила мысль о том, что образованный врач, основа­тельно занимающийся своей наукой, может сомневаться в пользе анатомии для хирурга».

Академия наук присудила тогда Пирогову за этот труд Демидовскую премию. Спустя больше полувека после выхода в свет «Хирур­гической анатомии» специалисты писали, что это классическое сочинение Николая Ивано­вича произвело огромное впечатление за гра­ницей и сохранит своё значение навсегда, так как в нём «выработаны прекрасные правила, как следует идти ножом с поверхности тела в глубину».

Советские специалисты отмечают, что из­ложенное в «Хирургической анатомии» учение о фасциях — ключ ко всей анатомии, что в этом и состоит гениальное открытие Пирогова, ясно и отчётливо сознававшего, революционизи­рующее значение своего, метода. В «Хирурги­ческой анатомии» система фасций рассматри­вается не как застывшая анатомическая догма, а как хирургическое руководство к действию.

Заслуженный профессор Военно-медицин­ской академии имени Кирова В. Н. Шевку-ненко писал в столетнюю годовщину выхода в свет «Хирургической анатомии», что в этом труде Пирогова дано классическое воспроиз­ведение всего того, что имеет существенное значение Для отыскания и перевязки любого артериального ствола.

Велико также значение третьего тогдашнего труда Пирогова — монографии об Ахиллесо­вом сухожилии (1840—1841 гг.). Во всех но­вейших сочинениях по этому вопросу работа Пирогова цитируется как классическая.

Имя Пирогова стало широко известно в на­учных кругах на родине и за рубежом. Но его гению было тесно в маленьком провинциаль­ном университете. Николаю Ивановичу хоте­лось работать в столице, где могли быть пол­ностью удовлетворены его научно-исследова­тельские и преподавательские интересы. Пирогова увлекала борьба за «оригинальность и са­мобытность» отечественной науки. Он хотел, чтобы русский народ не только не отставал от Запада, но опередил его.

Прогрессивная петербургская профессура пошла навстречу страстному стремлению Ни­колая Ивановича и подняла в 1839 году во­прос о приглашении его на кафедру хирургии в, Медико-хирургическую (Военно-медицин­скую) академию. Много старался об этом Юрьевский приятель Пирогова, друг В. А. Жу­ковского, профессор К. К. Зейдлиц. Но пере­ходу Пирогова в Петербург долго противился министр просвещения Уваров — в значитель­ной степени вследствие недовольства резко­стью молодого профессора в его отношениях с реакционным начальством.

Настойчивость Пирогова, вмешательство влиятельных петербургских профессоров, по­нимавших значение для науки перехода Ни­колая Ивановича в Петербург, одолели упрямство Уварова. В январе 1841 года Н.И. Пи­рогов был утвержден профессором Медико-хирургической академии. Весной он переехал в столицу.