В дни юбилея все выходившие в России пе­чатные издания, частные и официальные, спе­циальные и общие, уделяли много места статьям о Пирогове. В печати появились об­щие характеристики его, воспоминания об от­дельных моментах его жизни, воспроизводи­лись портреты, печатались тексты поднесённых ему адресов, сообщалось о стипендиях, учреж­давшихся учёными обществами и отдельными лицами. Все европейские учёные общества и университеты прислали юбиляру адреса и дип­ломы на звание почётного доктора.

Родной город Николая Ивановича поднёс ему звание почётного гражданина Москвы. Большинство русских университетов давно из­брали его почётным членом. Академия наук ещё в 1846 году почтила Николая Ивановича званием члена-корреспондента, тогда еще ка­федры медицинских наук для действительного члена академии в ней не было.

В день приезда в Москву, при встрече на вокзале, Николай Иванович произнёс неболь­шую речь. Этот день напомнил ему «дорогое, отдалённое время», когда по возвращении из-за границы он «мечтал служить России» в своём родном городе. Но московская ка­федра была занята другим лицом. Пирогов «сделался бездомным скитальцем и, хотя не жил в Москве, но сердце всегда стремилось к ней».

На торжественном обеде в университете Ни­колай Иванович произнёс большую речь, в ко­торой вспоминал годы своего студенчества. «Но не подумайте, — говорил он, — что я, по обычаю старых людей, намерен восхвалять перед вами прошлое и отдавать ему преиму­щество перед настоящим. Нет, напротив, склад моего ума не позволяет мне смотреть на пред­меты и события с односторонней и личной точки ярения. Относясь более объективно к про­шлому и к настоящему, я не могу не отдать предпочтения последнему . Вы видите перед собою человека прошлого времени, стоящего в дверях вечности, который смело вас одуше­вляет надеждою и провозглашает благоден­ствие будущему».

Заключительный день юбилейного торжества был омрачен усилением предсмертной болезни Николая Ивановича. Потеряв за год до того последний коренной зуб правой верхней че­люсти, он отказывался вставить искусственные зубы. На месте выпавших зубов стала разви­ваться язва, которую Пирогов заметил в начале юбилейного года, но не придал ей тогда особенного значения. В Москве было устроено совещание крупнейших отечественных хирур­гов. Они признали злокачественность новообразования и предлагали немедленно удалить последнее. Тогда они считали это своевремен­ным, высказывая уверенность в успешном ис­ходе операции.

Жена Пирогова возражала против этого. Она решила обратиться за советом к зарубежному специалисту. Прямо с юбилейного праздника увезли Пирогова в Вену — к знаменитому хирургу Бильроту. Последний спокойно и уверенно сказал, что болезнь не серьёзная, скоро пройдёт без хирургического вмешательства. После смерти Николая Ивановича Бильрот заявил в печати, что он сразу устано­вил характер болезни, но считал, что больной за 70 лет, с явными признаками начинавшегося маразма в теле и с катарактами на обоих гла­зах не перенесёт операции. Тем более, что и операция не помогла бы: болезнь была неизле­чима. Бильрот был уверен, что «в данном слу­чае он не получил бы благоприятного резуль­тата», но ему «хотелось изменить взгляд боль­ного на сущность» недуга и приободрить его. Весь обратный путь в деревню Пирогов про­вёл весело, в шутках и воспоминаниях молодости. «Из убитого и дряхлого,— рассказывает его спутник доктор С. С. Шкляревский,— он опять сделался бодрым и светлым». Но скоро истинный характер болезни выяснился и для самого Пирогова. «Он, очевидно, вполне знал своё безвыходное положение, — писал Шкляревский,— видеть Николая Ивановича, говорить с ним о роковой болезни его — было чрезвычайно тяжело».

Несмотря на это, Александра Антоновна по­везла мужа летом 1881 года на одесский лиман, где он купался и был осаждаем много­численными бедными больными.

В одну из своих обычных прогулок в Вишне, в сентябре, Николай Иванович простудился и слёг. С этого времени началась для него борьба между жизнью и смертью. Но и теперь он продолжал вести свой «Дневник». В конце октября перо выпало из рук Пирогова. Он на­ходился в агонии до самой кончины, последо­вавшей в 8 часов 45 минут вечера 23 ноября (5 декабря) 1881 года.

Газеты и журналы, русские и зарубежные, снова печатали статьи, заметки, воспомина­ния, снимки, относящиеся к жизни и деятель­ности Пирогова. В Вишню прибыли депутаты, присылались венки. Вдова Николая Ивановича решила похоронить его тело в церкви, которую выстроила в Вишне. Был сооружён временный склеп, и в него опустили 24 января 1882 года (ст. стиля) гроб с телом Пирогова. Предварительно тело было набальзамировано доктором Д. И. Выводцевым. Оно сохранялось в гробу, под стеклянной крышкой, много деся­тилетий. По решению 1-го Всеукраинского съезда хирургов профессор хирургии Н. К. Лысенков совместно с комиссией врачей осмотрел останки Пирогова в октябре 1926 года. В опи­сании этого осмотра сообщается, что тело Пирогова в общем сохранено хорошо. Лицо его в гробу, под стеклом, имеет сходство с из­вестными портретами Николая Ивановича.